什么是测序读长？

什么是测序读长？

新一代测序（NGS）读长是指从一个DNA片段中测得的碱基对（bp）的数量。测序后，使用read之间的重叠区域对序列进行组装，比对read和参考基因组，重建完整的DNA序列。测序读长取决于NGS仪器上使用的测序试剂——更多的化学循环将产生更长的read。

为什么NGS读长很重要？

根据您的样本类型、应用和覆盖度需求选择合适的测序读长。由于长read可实现更多的序列重叠，它们可以更好的进行从头组装，更可靠地解决基因组的重复区域。对于其他应用，例如表达分析或计数研究，较短的read就已足够，而且比较长的read更划算。

测序read选项

有两种测序read类型：单端和双端测序。单端测序是从一端到另一端对DNA片段进行测序。它非常适合小RNA测序或染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）等应用，是一种快速、经济的选择。

双端测序会在从一端读取DNA片段后，在另一端重新开始这个过程。除生成两倍的测序read之外，这种方法还能够更精确地比对read和检出结构重排。目前大多数研究人员都采用双端方法。



如何计算Illumina读长

所有Illumina测序试剂都具有一定数量的测序循环数。这些循环数与测序读长直接相关。每个循环会对一个碱基进行测序，所以循环的总数表示可测得的碱基的最大数量。您可以使用测序试剂来生成单个连续read，或者在两个方向上进行双端测序。（例如，300个循环的试剂盒可用于1 × 300 bp的单端测序运行或2 × 150 bp的双端测序运行。）



文章参考：https://www.illumina.com.cn/scie ... ts/read-length.html