克隆后的质粒是否有必要测全长？

基因合成公司交付的质粒通常都只测了目标基因片段序列对不对，但是不清楚其骨架序列是否正确，是否有必要测全长？另外，质粒会形成多聚体，导致其目标序列的拷贝数差异很大，也应该是通过测全长才能看见的吧？

长读长测序（如ONT和PacBio的测序的方案）有助于验证整个质粒序列的完整性和准确性，包括骨架部分。

另外，这里提到的质粒多聚体是指多个质粒复制体在一起形成的结构，其存在会影响转化和转染效率、质粒复制频率、宿主细菌的生长速度等多个因素​。短读取测序方法无法检测到质粒多聚体，因为这种方法不能区分质粒中的大重复序列。相反，长读取测序，能够检测质粒中的大重复序列，从而识别出质粒多聚体​3。

综合上述信息，如果你想检测质粒全长序列的正确性，以及是否存在多聚体，长读取测序是一种可行的方法。这种方法可以提供全长质粒的精确序列，以及检测到质粒多聚体，这是短读取测序无法做到的。

ps: 今年3月份有篇ONT质粒测序的文章可以参考看看（https://bmcbioinformatics.biomed ... /s12859-023-05226-y）