illumina的长读长解决方案

在今年的AGBT会议上，illumina又show了一波他们合成长读长（Complete Long Reads, CLR）的数据。整个实现过程如下：


正如长期猜测的那样， Illumina CLR的确基于长读取方法Longas MorphoSeq。工作流程基本上包括一轮标签化以安装PCR引物位点，某种形式的诱变在测序片段上安装“路标”突变，长片段PCR以扩增带有路标的片段。然后该DNA进入标准的Illumina标签化文库制备工作流程。路标生成的具体方式目前是Illumina仍然没有透露的秘密之一。在有些文献报道中，已经使用了弱亚硫酸盐处理和突变性PCR来实现。一个有趣的可能性是在第一次标签化反应中使用一种热不稳定和突变性的酶，比如胞嘧啶脱氨酶。






Illumina的合成长度长，大多数读取长度在5-6Kb范围内，但也有一些读取长度达到约30kb，这对于长程PCR来说非常令人印象深刻。Illumina强调了另外一个优势： DNA样本的少量使用——10纳克——并声称这是竞争优势。而PacBio等传统天然长度长工具，通常对起始的样本核酸量要求都比较高，限制了其在一些场景上的应用。