LD（连锁不平衡图）图相关问题

想咨询一下相关连锁不平衡的事情
1.使用LDheatmap的时候有时候会比实际输入的SNP少几个SNP，就是假设共36个SNP作图，但是最后结果也只有32个SNP做了图，可能的原因是什么呢？
2.使用LDBlockshow作图自动把indel给排除出去了，如果希望Indel也参与LD图的构建，应该怎么处理呢？