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为啥Element AVITI测序仪质量能够达到Q40?

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最近了解到Element AVITI测序仪,说测序质量可以达到Q40的水平,也是碱基达到99.99%的准确度。请教下该平台是如何实现这个数字的?

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admin  管理员  发表于 2023-5-21 13:53:34 | 显示全部楼层


Element的AVITI测序仪是他们今年主推的一个NGS测序仪,其Q40的测序质量非常引人关注。从他们公司宣传的资料中可以看出,主要从下面3个方面进行了技术突破,从而实现了从Q30到Q40的提升。这3个方面包括:

1. 测序芯片上低的测序背景噪音(背景光)。据说其测序芯片(flowcell)表面的涂层专门做过优化,导致测序过程中的各种试剂不会粘连到芯片上,类似一个不粘锅涂层,这样在后续的多轮测序过程中测序背景就会一直很低,从而提升了信噪比实现高的测序质量。

2.  采用了类似华大测序平台DNB技术,用滚环扩增的方式构建测序文库簇。因为滚环扩增的方式只以最原始的核酸序列作为模板扩增,即便是扩增中出错,也不会将该错误继续扩大的后续的扩增中。而illumina的bridge PCR技术就是普通PCR扩增技术,就会有这样的问题,中间的错误会扩大到后面的扩增序列中。

3. 荧光检测和碱基延伸是独立的两步。illumina SBS的边合成边检测的方案中,碱基上是既带荧光基团也带延伸阻断基团的:问题1, 单碱基结合并发荧光,结合力不强,导致试剂用量多,进一步增强背景信号,信噪比差;问题2, 在切除荧光基团时会留下伤疤,导致后续加碱基的效率下降,会有pre-phasing的问题。Element是采用分开两步来做检测和合成延伸,采用带荧光基团的亲和子(类似八爪鱼结果),可以多点结合扩展簇,结合力强;荧光检测完成后,全部去除该亲和子,在利用阻断基团进行后续的合成。




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