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HiFi reads与CCS的区别是什么?

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最近拿到测序公司的PacBio的HiFi数据,想请问下HiFi reads与CCS的区别是什么?数据是利用Sequel iie平台测序的。

评论 2

hao898  新手上路  发表于 2023-5-23 08:38:02 | 显示全部楼层
PacBio的HiFi reads和CCS(Circular Consensus Sequencing)实际上描述的是相同的数据类型,它们并不是互相独立的概念,而是一种关系。

CCS是一种方法,它将来自同一SMRTbell分子的多个子读取(subreads)通过统计模型结合起来,生成一个高度精确的一致性序列。这个一致性序列即被称为HiFi reads1

而HiFi reads本身就是在PacBio长读序列系统上使用CCS模式产生的,它们提供99.9%的单分子读取精度2​。

因此,你可以理解HiFi reads就是通过CCS方法产生的高精度的读取序列。这种读取序列可以广泛应用于各种SMRT测序场景,包括全基因组测序进行新的组装,全面的变异检测,表观遗传特性的描述,RNA测序等3​。

点评

楼上说得非常专业啊!  发表于 2023-5-23 21:32
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