NGS对基因编辑后突变体鉴定上的优势

目前有不少公司推出的基于高通量测序的方法用于基因编辑（CRISPR）后的突变体检测和鉴定的服务，NGS测序相较于Sanger测序有什么优势呢？有没有大佬分析分析？

的确，当然基因编辑技术已经在各个实验室使用，并创造出了许许多多的突变体。对这些突变体具体情况的鉴定，必须使用测序分析来获得。目前如果使用一代测序来鉴定具体每个突变体的突变类型和具体分布，就需要做PCR扩增，连转和挑取单克隆后进行测序，通常一个突变体要挑起10-15个克隆进行测序，单个测序10元左右，考虑到测序引物等成本，整个成本在200元左右甚至更高，且无法鉴定到低频突变，还有就是工作量巨大。所以无法大规模推广应用。


如果利用NGS测序的方式，只需要对靶标区进行PCR扩增富集，扩增时带上barcode序列用于区分样本 ，最后将扩增后的产物混合在一起用于建库测序，得到测序reads。在生信分析阶段，利用barcode序列的不同，将测序数据拆分到不同样本后进行比对分析，就可以非常方便的得到每个样本的具体编辑结果。目前测序价格已经非常便宜，相对而言整体的测序成本，通量，灵敏度和周期（量大时）均比Sanger测序提升太多，是未来的提升实验室效率的主要发展趋势。

利用NGS测序鉴定基因编辑后的突变体突变的具体情况，主要可以应用在包括，对动植物，细胞等基因编辑材料的鉴定分析；对大批量基因编辑样本进行检测分析；用于鉴定分析敲除效率低的编辑系统（如先导编辑Prime editor系统）；可以为开发新的编辑系统检测编辑效率提供快速的检测手段。