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原始数据上传NCBI-转录组数据

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经常碰到老师在文章接收过程中,编辑要求将原始数据上传NCBI,要是没有数据上传经验的不要慌,小编手把手教你如何快速上传数据至NCBI。
(一)NCBI账号:上传数据必须有自己的NCBI账号,2022年以前注册的NCBI账号现在不能直接用了,需要用第三方平台进行验证登录,常用的可以使用windons账号或orcid账号进行登录,小编推荐使用orcid:orcid官网。注册后需要完善个人信息,要不不能上传数据,完善信息按钮如下:


图1 账号完善
(二)进入NCBI主页:NCBI官网,点击Submit

图2 上传按钮

原始数据需要选择上传SRA

图3 选择上传SRA

(三)创建新的submission开始上传工作

图4 创建新的submission

(1)
SUBMITTER,系统自动带出个人账号的信息,可以对信息进行修改

图5 SUBMITTER

(2)General InformationBioProject跟BioSample后续会自动生产,这里不需要提前创建,都选No,发表时间可选 1)上传就释放,2)文章发表或选定日期早出来的那个


图6 general Information

(3)Project
Info 数据标题,以及描述信息

图7 Project info

(4)BioSample Type小编这里是植物样本,选择Plant


图8 Biosample Type

(5)Biosample Attributes上传样本信息表,下载Download Excel

图9 Biosample Attributes

样本信息表填写 绿色必须填写,蓝色至少写一列,并且至少一列名称需要不一样,要不后续会报错,小编分享自己通过的模板:

图10 信息表模板

(6)SRA MetaData填写需要上传数据文件,需要下载模板Download Excel spreadsheet

图11 SRA MetaData

小编这里给出自己上传成功的模板,这里的filename需跟上传数据命名一直


图12 SRA数据上传模板

(7)Files,SRA上传,小编强烈推荐使用Aspera 工具进行上传,小编上传速度达到40M/s,比其他方式快几十倍。
下载aspera:地址aspera,选择IBM Aspera Connect,安装后,还需下载图13中的key file,


图13 选择Aspera上传

上传命令:小编Windows系统,首先快捷方式win+r,然后输入cmd,然后根据图13提示,输入命令,例如小编命令:
  1. C:\Users\xutt\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\bin\ascp.exe -i C:\Users\xutt\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\bin\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d C:\Users\xutt\Desktop\Data <a href="mailto:subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov">subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov</a>:uploads/xutt_cpu.edu.cn_UAATarkk
复制代码

图14 Windows上传命令

(五)小编后续要是上传重测序数据,或者基因组数据,再更新相关内容,对应转录组数据上传,相信小编写的很详细了。

作者:geneonto
链接:https://www.jianshu.com/p/0e9158c88594
来源:简书




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