RNASeq数据分析时需要去重嘛？

有发表的文章中对其RNASeq数据分析时，去除了Dup重复，不清楚这个操作是否合理？

先说下目前的通用的RNASeq分析流程操作方法，就是不用去除dup。

我们看下其他建议：

在RNASeq数据分析过程中，对于去除PCR产生的重复读取（PCR duplicates）是否有必要，这是一个有争议的问题。下面是一些关于去除PCR重复读取的考虑因素：
数据质量评估：首先，你应该评估你的数据质量。如果你的RNASeq数据具有高质量的测序和严格的样本准备过程，PCR重复读取的比例可能相对较低。在这种情况下，去除PCR重复读取可能对结果影响较小。
基因表达量估计：对于基因表达量估计，PCR重复读取可能会导致偏高的基因计数，因为它们增加了对某些基因的过度表示。如果你不去除PCR重复读取，可能会导致基因表达量的误差和偏差。因此，如果你关注的是准确的基因表达量估计，去除PCR重复读取是有意义的。
统计分析：对于差异表达分析和其他统计学测试，PCR重复读取可能会对结果产生影响。由于PCR重复读取的引入可能会导致表达量的偏高，这可能会影响差异表达分析中的显著性评估。因此，在统计分析中，去除PCR重复读取可能是必要的，以减少误差和偏差。
计算资源和时间：去除PCR重复读取可能需要额外的计算资源和时间。因为PCR重复读取的定义涉及到比对位置和读取序列的一致性，这可能会增加数据处理的复杂性和计算成本。你需要权衡去除PCR重复读取所需的资源和时间成本，与你的研究目标和数据质量要求相结合。

综上所述，虽然去除PCR重复读取在某些情况下可能是有必要的，特别是在需要准确的基因表达量估计和统计分析时。然而，在其他情况下，如果你的数据质量较高并且PCR重复读取的比例较低，你可以选择保留PCR重复读取，以避免额外的计算成本和复杂性。最终的决策应根据你的实验设计、数据质量和分析需求来确定。

另外就是参考下华大的建议： http://bgitechsolutions.com/productions/139