什么是ONT测序中1D，2D和1D^2测序模式？

最近听到关于Nanopore可以通过不同的建库策略，实现不同的测序策略，包括最为常规的1D，2D和1D^2，有人解释下具体是什么意思吗？

实际上，1D, 2D建库模式是ONT为了提高测序reads质量而优化的不同建库方式，从下面的图片可知：

1D，就是最普通的建库模式，DNA的正负零分别链接马达蛋白进行测序；在R9.4版本芯片上，测序准确度是86%；

2D，是在DNA的一段加上一个链接发卡序列，使其测序产生正负链序列，生成类似PacBio定义的 circular consensus sequence （CCS）, 从而提高reads质量；在R9.4版本芯片上，测序准确度可以提升到94%；

1D^2，在R9.5版本（2017年发布）中，通过链接一个特殊的接头序列，从而提升政府链能够同时一前一后进入同一纳米孔测序的概率>60%, 从而实现CCS效果。其测序质量可以达到95%。

不过值得注意的是当前ONT不在提供2D和1D^2建库模式，而是直接采用1D模式，主要是因为base calling算法改为DeepNano后数据质量有了很大的提升，据说可以达到Q20水平了。

另外补充一点关于1D质量为何能提升，在R10和R10.3纳米孔芯片版本上，纳米孔有上下两个信号区域，可以发出两组不同的信号用于检测测序序列，同时通过基于语言模型的Guppy base calling软件就能够得到高质量的碱基信息和修饰信息。