基因表达干扰CRISPR和RNAi两种方法的特异性如何？

RNAi沉默方法的最大限制之一是其存在高脱靶效应。沉默非预期的RNA靶标会导致表型的改变，因此对基因功能筛选实验不利。

RNAi的脱靶效应可分为两种类型：序列无关和序列相关。例如，多项研究表明，特定细胞类型中的siRNA以序列无关的方式触发干扰素激活途径，导致干扰素调节基因的表达增加（也就是引发免疫相关反应）。2003年的研究首次表明siRNA也会靶向具有部分互补性的序列。即使到今天，基于序列的离靶效应仍然是RNAi实验中最具挑战性的问题。

CRISPR系统最初也存在一些序列特异性的脱靶效应。然而，在短时间内，该技术在多个领域迅速发展。高效的设计工具使得寻找具有最小脱靶效应的sgRNA成为可能。sgRNA的引入以及进一步的化学修饰sgRNA, 也大大减少了与质粒和IVT衍生的引导RNA相比的脱靶效应。

尽管通过优化siRNA的设计、浓度和化学修饰已经减少了一些RNAi的脱靶效应，但最近的比较研究表明，CRISPR的脱靶效应要远远少于RNAi。

因此，CRISPR很可能继续快速发展，并在包括临床试验在内的大多数研究应用中取代RNAi。