抗体可变区、恒定区序列、结构分析（建议收藏）

通过各种方法获得的抗体，经过测序后得到了抗体的序列信息，这些序列需要怎么分析后才能知道相应的可变区、恒定区以及结构特征呢？本文就简单介绍下载IMGT上对抗体可变区、恒定区序列、结构分析。
IMGT®是国际免疫遗传学信息系统®(http://www.imgt.org)，创建于1989年，用于管理抗原受体、免疫球蛋白(IG)或抗体和T细胞受体(TR)的巨大多样性。使用IMGT®数据库和工具对抗体进行标准化的序列和结构分析，可以使人们首次能够弥补抗体序列和三维(3D)结构之间的差距。

自2010年10月起，可使用IMGT/HighV-QUEST(26-28)对从下一代测序(NGS)(或高通量测序(HTS)、深度测序)获得的IG或抗体和TR核苷酸序列进行分析，每次运行可分析150,000个序列
IMGT®是免疫遗传学和免疫信息学的国际参考标准，其标准对抗体人源化和免疫原性评估特别有用。抗体核苷酸序列和基因的IMGT®数据库分别包括IMGT/LIGM-DB和IMGT/GENE-DB，而核苷酸序列分析由IMGT/V-QUEST、IMGT/HighV-QUEST和IMGT/ JunctionAnalysis工具进行。
在本文中，我们将重点介绍用于核酸序列、氨基酸序的IMGT/V-QUEST数据库进行抗体序列的分析。
我们以OKT3这一抗体药为例，来展示怎么分析该抗体的序列结构。
M.musculusOKT3 heavychain


M.musculusOKT3 lightchain

2、打开Tools中的IMGT/V-QUEST tool。


3、由于我们使用的OKT3是鼠源的，故在Species上选择House mouse，在Receptor type or locus上选择IGH（重链）或者IGK（轻链）。然后把抗体的序列填写上，点击Search开始。




4、即出现对该序列的分析结果。
这是在数据库中同源性的分析：


这是抗体序列结构的分析：


可见抗体的可变区结构均详细的展现出来。
这是抗体可变区翻译成氨基酸序列的结果：


大家可用其他的Tool对序列进行其他的分析，比如更高的结晶解析结构。
通过上面一个简单的事例分享，相信大家对怎么分析抗体的可变区、恒定区和结果有个一个直观的印象，更多IMGT功能期待大家去使用和发掘，也希望大家能够分享使用心得体会。


本文转载：木木 IVD视觉